Si tratta di un museo unico nel suo genere e la cui origine va ricercata nel Gabinetto di Storia Naturale, fondato dal re Carlo III, e nelle spedizioni scientifiche del XVIII secolo.

Attualmente ospita collezioni precolombiane, etnografiche e coloniali. Le principali sono il Tesoro dei Quinbaya, il mantello di una mummia di Paracas di circa duemila anni, i codici Trocortesiano (maya) e Tudela (azteca), la collezione di arte Inca, le collezioni indigene della costa nordoccidentale di Stati Uniti e Canada riunite nel XVIII secolo, le decorazioni di piume, o i quadri di meticciato.

Tutto ciò esposto in cinque aree tematiche in cui si illustrano gli strumenti di conoscenza dell'America, le aree culturali, la società, la religione e la comunicazione in America.