C’est un musée unique en son genre, dont l’origine remonte au Cabinet royal d’Histoire naturelle créé par le Roi Charles III d’Espagne et aux expéditions scientifiques du XVIIIe siècle.

Les fonds actuels qu’il possède comportent des collections précolombiennes, ethnographiques et coloniales. On peut citer notamment le Trésor des Quimbayas, le manteau d’une momie de Paracas d’il y a deux mille ans environ, les codex Trocortesiano (maya) et Tudela (aztèque), la collection d’art inca, les collections indigènes de la côte Nord-ouest des États-Unis et du Canada rassemblées au XVIIIe siècle, les plumes et les tableaux de métissage.

Tout cela est exposé dans cinq espaces thématiques expliquant "Les instruments de la découverte de l’Amérique", "Les régions culturelles", "La société", "La religion" et "La communication en Amérique".