Es un museo único en su especialidad y cuyo origen hay que buscarlo en el Gabinete de Historia Natural, creado por el Rey Carlos III, y en las Expediciones Científicas del S. XVIII.

Los actuales fondos que alberga incluyen colecciones precolombinas, etnográficas y coloniales. Destacan el Tesoro de los Quimbayas, el manto de una momia de Paracas de hace unos dos mil años, los códices Trocortesiano (maya) y Tudela (azteca), la colección de arte inca, las colecciones indígenas de la Costa Noroeste de Estados Unidos y Canadá recogidas en el S. XVIII, las piezas de plumaria, o los cuadros de mestizaje.

Todo ello expuesto en cinco áreas temáticas que explican Los Instrumentos del Conocimiento de América, Las Áreas Culturales, La Sociedad, La Religión y la Comunicación en América.