Dieser Garten ist ein Symbol des Zeitalters der Aufklärung des 18. Jahrhunderts. Er war Bestandteil des städtebaulichen Raumordnungsprojekts, das Karl III. für den Bereich des Prado durchführen ließ. Dieser König weihte den Botanische Garten 1781 auch ein. Der Garten ist - ebenso wie das benachbarte Prado-Museum - ein Werk von Juan de Villanueva. Besucher finden hier auf verschiedene Freiluftbereiche aufgeteilt Bäume, Blumen und Pflanzen aus aller Welt. Außerdem gibt es in den Gewächshäusern exotische Arten.