Dieses Museum ist einzigartig auf seinem Gebiet. Sein Ursprung geht auf das von König Carlosl III gegründete Real Gabinete de Historia Natural und auf die wissenschaftlichen Expeditionen des 18. Jahrhunderts zurück.

Zum jetzigen Bestand gehören vorkolumbianische und völkerkundliche Sammlungen sowie solche aus der Kolonialzeit. Auffällig sind der Tesoro de los Quimbayas, der über zweitausend Jahre alte Umhang der Mumie aus Paracas, Handschriften der Trocortesiano (Mayas) und Tudela (Azteken), die Inka-Kunstsammlung, Sammlungen der Eingeborenenkulturen der Nordwestküste der USA und Kanadas aus dem 18. Jahrhundert, Federschmuck und Mestizenbilder.

Die Ausstellungen sind auf fünf Themenbereiche verteilt:  Los Instrumentos del Conocimiento de América (Instrumente für Kenntnisse über Amerika), Las Áreas Culturales (Kulturen), La Sociedad (Gesellschaften), La Religión (Religionen) und Comunicación en América (Kommunikation in Amerika).